function plotPDF(dataCell, referenceValues, varargin)
%% plotPDF: Plots 2D heatmap of PDFs for grouped data
%
% Usage:
% Plotter.plotPDF(dataCell, referenceValues, ...
%     'Title', 'My Title', ...
%     'XLabel', 'Scan Parameter', ...
%     'YLabel', 'Data Values', ...
%     'FigNum', 1, ...
%     'FontName', 'Arial', ...
%     'SkipSaveFigures', true, ...
%     'SaveFileName', 'SavedPDFs', ...
%     'SaveDirectory', 'results', ...
%     'NumPoints', 200, ...
%     'DataRange', [min max], ...
%     'XLim', [xmin xmax], ...
%     'Colormap', @jet);

    % --- Parse optional inputs ---
    p = inputParser;
    addParameter(p, 'Title', '', @(x) ischar(x) || isstring(x));
    addParameter(p, 'XLabel', '', @(x) ischar(x) || isstring(x));
    addParameter(p, 'YLabel', '', @(x) ischar(x) || isstring(x));
    addParameter(p, 'FigNum', 1, @(x) isscalar(x));
    addParameter(p, 'FontName', 'Arial', @ischar);
    addParameter(p, 'FontSize', 14, @isnumeric);
    addParameter(p, 'SkipSaveFigures', false, @islogical);
    addParameter(p, 'SaveFileName', 'pdf.fig', @ischar);
    addParameter(p, 'SaveDirectory', pwd, @ischar);
    addParameter(p, 'NumPoints', 200, @(x) isscalar(x));
    addParameter(p, 'DataRange', [], @(x) isempty(x) || numel(x)==2);
    addParameter(p, 'XLim', [], @(x) isempty(x) || numel(x)==2);
    addParameter(p, 'Colormap', @jet);
    parse(p, varargin{:});
    opts = p.Results;

    N_params = numel(referenceValues);

    % --- Determine y-grid for PDF ---
    if isempty(opts.DataRange)
        allData = cell2mat(dataCell(:));
        y_grid = linspace(min(allData), max(allData), opts.NumPoints);
    else
        y_grid = linspace(opts.DataRange(1), opts.DataRange(2), opts.NumPoints);
    end

    pdf_matrix = zeros(numel(y_grid), N_params);

    % --- Compute PDFs ---
    for i = 1:N_params
        data = dataCell{i};
        data = data(~isnan(data));
        if isempty(data), continue; end
        f = ksdensity(data, y_grid);
        pdf_matrix(:, i) = f;
    end

    % --- Plot heatmap ---
    fig = figure(opts.FigNum); clf(fig);
    set(fig, 'Color', 'w', 'Position',[100 100 950 750]);

    imagesc(referenceValues, y_grid, pdf_matrix);
    set(gca, 'YDir', 'normal', 'FontName', opts.FontName, 'FontSize', opts.FontSize);
    xlabel(opts.XLabel, 'Interpreter', 'latex', 'FontSize', opts.FontSize, 'FontName', opts.FontName);
    ylabel(opts.YLabel, 'Interpreter', 'latex', 'FontSize', opts.FontSize, 'FontName', opts.FontName);
    title(opts.Title, 'Interpreter', 'latex', 'FontSize', opts.FontSize + 2, 'FontWeight', 'bold');
    colormap(feval(opts.Colormap));
    c = colorbar;
    ylabel(c, 'PDF', 'Interpreter', 'latex', 'FontSize', opts.FontSize);

    if ~isempty(opts.XLim)
        xlim(opts.XLim);
    end

    % --- Save figure ---
    Plotter.saveFigure(fig, ...
        'SaveFileName', opts.SaveFileName, ...
        'SaveDirectory', opts.SaveDirectory, ...
        'SkipSaveFigures', opts.SkipSaveFigures);

end